La creación de la Secretaría de Educación Pública (SEP), en septiembre de 1921, fue un hecho decisivo el cual facilitó la acción concurrente del gobierno federal de manera directa en todo el país. Se logró equilibrar un poco la desigual atención que estados y municipios brindaban a los servicios de educación. José Vasconcelos, el primer titular de esta institución, formuló un nuevo sistema educativo para atender las necesidades de instrucción y formación académica de todos los sectores sociales. Uno de los aportes más importantes de la gestión de Vasconcelos fue la educación rural: se crearon escuelas primarias y algunas normales rurales, y se formaron las misiones culturales, grupos docentes, profesionistas y técnicos que se dirigieron a diversas localidades rurales para capacitar maestros y trabajar en favor de la comunidad.
Después de la creación de la SEP, ocurren diversos hechos que repercutirían en el futuro del sistema educativo mexicano. Durante la presidencia de Plutarco Calles hubo un constante forcejeo entre la Universidad Nacional y la SEP. Los universitarios buscaban mantener el sistema mediante el cual la escuela preparatoria continuaba después de la conclusión de los estudios del ciclo primario, no obstante, por decreto oficial de la SEP se creó en 1925 la escuela secundaria como una nueva institución educativa al servicio de la adolescencia. Este hecho generó dos cambios importantes en el sistema educativo. Por un lado, hubo un cambio en la secuencia de estudios. Por otro lado, la confrontación del gobierno con la universidad fue un elemento central para que en 1929 la universidad obtuviera su autonomía. La autonomía facultó a la universidad para que decidiera el contenido de la educación superior.
